酱油独特的风味主要来源于大豆蛋白，而小麦中的碳水化合物可以使酱油更为芳香和甘甜。作为主要原料，大豆需要在水里提前浸泡一段时间，然后高温蒸好备用。类似地，小麦也需要经过高温烘培，磨成粉末状。当两者混合以后，米曲霉会与它们亲密接触，几天后，再一块被移至最终的酿制场所发酵。由于这个酿制的过程将持续几个月的时间，所以米曲霉需要备好大量的水供其“饮用”。另一方面，为了不让这位巧妇太过辛苦（增殖过度），也不希望有其他的“厨子”过来“打酱油”，所以还要在水中溶入食盐来控制整个过程中微生物的生长。
   酱油天然的色香味在酿造的过程中就已经产生，在漫长而又不见天日的酿造过程中，米曲霉将大豆蛋白分解成片段或单个氨基酸，将碳水化合物分解为寡糖或单糖。我们有时还会给巧妇介绍几个帮手——乳酸菌（Lactobacillus）和酵母（Saccharomycescerevisiae）。这些帮手会帮忙制造乳酸和酒精，而所有的这些产物都将在几个月中进行二次发酵，从而产生无数“酱油味”化合物。同样是在酿造过程中，这些原料会发生一种叫做“美拉德反应”（MaillardReaction）的化学反应，使得葡萄糖和其他糖与氨基酸结合，形成一类叫做类黑素（melanoidin）的物质。正是这些分子构造出了酱油独特的色香味。
   好了，酿造酱油的主要步骤就此完成，剩下的只是沥出酱油原汁，调色调味，以及高温灭菌（所以我们食用的酱油里是没有霉菌的），装瓶上市了。